Con esta base exitosa, en el 2000 se institucionalizó el Seminario bajo la coordinación de la Dirección de Documentación e Investigación, encabezada por el antropólogo José Carlos Zazueta Manjarrez, con el nuevo título de Seminario “Sobre la Religión y los Jesuitas en el Noroeste Novohispano”; continuando la tradición de los anteriores seminarios de intercambio y convivio entre asistentes y ponentes, y su naturaleza internacional con conferencistas procedentes de los Estados Unidos, América del Sur y Europa. Además de las sesiones académicas, las tradicionales fiestas, cenas y excursiones a sitios históricos siguen amenizando las reuniones anuales.
Algunas de las Memorias del seminario que aparecen a continuación, como notará el lector, reflejan solamente una parte reducida de la información presentada desde 2000, debido principalmente a la propia naturaleza de un verdadero seminario, porque muchas de las ponencias presentadas fueron basadas en los conocimientos académicos y notas informales de los conferencistas, así como comentarios y discusiones extemporáneas. Además, algunas conferencias fueron ilustradas con transparencias o proyecciones por computadora sin guiones textuales; algunas no se prestaron a un texto formal; y otras han salido ya impresas o están por publicarse como parte de obras monográficas. Por estas razones, una parte de las aportaciones no han aparecido publicadas en alguna de las Memorias.
Demostrativa del alto nivel académico de los conferencistas, se incluye la siguiente lista de instituciones representadas por los ponentes del Seminario: California Mission Studies Association, El Colegio de Jalisco, El Colegio de México, El Colegio de Sinaloa, Instituto Nacional de Antropología e Historia, Instituto Sonorense de Cultura, Universidad de Arizona, Universidad Autónoma de Sinaloa, Universidad de California, Universidad Juárez de Durango, Universidad de Belfast, Universidad de Guadalajara, Universidad Iberoamericana, Universidad Nacional Autónoma de México, Universidad Pontificia, Roma y Universidad de Sonora.
Además, indicativa de la actividad productiva de los participantes, las monografías publicadas, vinculadas con el Seminario, son impresionantes:
• Bolton, Herbert Eugene, Los confines de la cristiandad, Gabriel Gómez Padilla (ed.), Garrido, Felipe (trad.), México, Universidad de Sonora/Universidad Autónoma de Baja California/Universidad de Colima/Universidad de Guadalajara/El Colegio de Sinaloa/Editorial México Desconocido, 2001.
• Gaxiola López, José y Zazueta Manjarrez, Carlos (coords.), Catálogo de fuentes documentales para la historia de Sinaloa, tomo I, Culiacán, El Colegio de Sinaloa, 2000.
• Gaxiola López, José y Zazueta Manjarrez, Carlos (coords.), Catálogo de fuentes documentales para la historia de Sinaloa, tomo II, Culiacán, El Colegio de Sinaloa, 2001.
• Gaxiola López, José y Zazueta Manjarrez, Carlos (coords.), Catálogo de documentos para la historia de las misiones, Culiacán, Universidad Iberoamericana/El Colegio de Sinaloa, 2001.
• López Castillo, Gilberto, El poblamiento en tierra de indios cahitas. Transformaciones de la territorialidad en el contexto de las misiones jesuitas, 1591-1790, México, El Colegio de Sinaloa/Siglo XXI editores, 2010.
• Magriñá, Laura, Los coras entre 1531 y 1722, México, Instituto Nacional de Antropología e Historia/Universidad de Guadalajara, 2002.
• Mathes, Miguel, Cronistas y crónicas Jesuitas del Noroeste de Nueva España, Serie Cuadernos No. 44, Culiacán, El Colegio de Sinaloa, 1998.
• Mathes, Miguel, Los padres expulsos de Sonora y Sinaloa, Serie Cuadernos No. 51, Culiacán, El Colegio de Sinaloa, 1999.
• Ortega Noriega, Sergio, Breve historia de Sinaloa, México, El Colegio de México/Fondo de Cultura Económica, 1999.
• Reyes, Antonio María de los, Relación de las misiones de Sonora y Sinaloa (1784), Nicolás Vidales Soto (ed.), Colección “Historia Sinaloense” 2, Culiacán, Creativos 7 Editorial, 2002.
Debido a los logros del Seminario, la biblioteca de El Colegio de Sinaloa está en plena transformación, convirtiéndose en un centro de investigación importante de la historia de la Compañía, con el establecimiento del Fondo Compañía de Jesús que alberga, entre otras fuentes, la colección de microfichas de documentos jesuitas novohispanos que se encuentran en la Biblioteca Nacional de Chile en Santiago; y el Archivo Histórico de Sinaloa, que incluye un amplio acervo de documentos en microfilm que se encuentran catalogados en CD-ROM y el impreso Catálogo de documentos para la historia de las misiones (2001). Para demostrar la amplitud del horizonte del seminario, se incluyen a continuación los programas correspondientes a 2000-2016: